Répertoire des outils de conception de médicaments silico – FAQ

Original: http://www.click2drug.org/FAQ.html

 

On trouvera plus d’informations sur Click2Drug, qui fournit une liste complète de la conception de médicaments assistée par ordinateur
services web et logiciel, tant pour le calcul basé sur la structure et axée sur le ligand.

 

J’ai besoin de dessiner rapidement la structure chimique d’un composé.
J’ai le sourire d’une molécule et que vous voudrais savoir à quelle molécule il correspond, ou obtenir un dessin de celui-ci.
J’ai un fichier dans un format de molécule, mais je voudrais le convertir dans un autre format.
Je voudrais générer plusieurs conformères possibles de mon molécule.
J’ai une petite molécule et voudrais savoir à quelle protéine il pourrait lier.
J’ai une petite molécule et voudrais trouver d’autres semblables.
Est-il possible de prédire les sites de liaison sur mes protéines ?
Je tiens à ancrer une molécule dans un site de liaison des protéines.
J’ai une protéine et souhaite effectuer un criblage virtuel étendu de petites molécules à ce sujet.
J’ai besoin de faire quelques calculs basée sur la structure, mais il n’y a aucune structure expérimentale pour mes protéines. Comment puis-je me procurer un modèle structural de mes protéines ?
J’ai besoin d’effectuer des calculs de mécanique moléculaire sur un complexe protéine-ligand, mais je n’ai pas les paramètres pour les petites molécules.
J’ai besoin d’effectuer des calculs de mécanique moléculaire sur une protéine, mais ne sais pas comment mettre en place le système.
Comment est-ce que je peux estimer l’affinité d’une petite molécule d’une protéine ?
Comment puis-je concevoir un ligand d’une protéine, la structure 3D du site de fixation ?
Je voudrais pour calculer les paramètres physico-chimiques et descripteurs de plusieurs petites molécules pour effectuer des calculs de QSAR.
Comment puis-je estimer la valeur de logP de mon molécule ?
Je peux estimer la toxicité d’une petite molécule ?
Puis-je estimer paramètres ADME d’une petite molécule ?

 

J’ai besoin de dessiner rapidement la structure chimique d’un composé.
Plusieurs services web sont disponibles pour cela, comme ChemWriter, jsMolEditor, l’éditeur de molécule de Marvin et spectateur et l’éditeur de molécule de WebME Molinspiration.

J’ai le sourire d’une molécule et que vous voudrais savoir à quelle molécule il correspond, ou obtenir un dessin de celui-ci.
Vous pouvez utiliser le service web Smi2Depict pour tirer un sourire la structure chimique de votre molécule. Vous pouvez aussi le voir en 3D à l’aide de la démo en ligne de Corina.

J’ai un fichier dans un format de molécule, mais je voudrais le convertir dans un autre format.
Vous pouvez utiliser le web E-Babel servive.

Je voudrais générer plusieurs conformères possibles de mon molécule.
Pour cela, vous pouvez utiliser Frog2 ou e-LEA3D.

J’ai une petite molécule et voudrais savoir à quelle protéine il pourrait lier.
Le service web TarFisDock tente de répondre à cette question à l’aide d’amarrage inverse. Le service de PharmMapper fait à l’aide d’un pharmacophore approche de cartographie.

J’ai une petite molécule et voudrais trouver d’autres semblables.
Cela peut être fait en utilisant le service web Superimposé.

Est-il possible de prédire les sites de liaison sur mes protéines ?
Cela peut être fait en ligne à l’aide de la 3DLigandSite et les services web PASS.

Je tiens à ancrer une molécule dans un site de liaison des protéines.
Plusieurs services web sont disponibles pour cela comme SwissDock, Pardock et MetaDock, qui sont gratuits pour les utilisateurs académiques, et DockingServer, qui est gratuite pour les utilisateurs académiques pour un nombre limité d’accostage par jour.

J’ai une protéine et souhaite effectuer un criblage virtuel étendu de petites molécules à ce sujet.
Cela peut être fait en utilisant le service web de Blaster.

J’ai besoin de faire quelques calculs basée sur la structure, mais il n’y a aucune structure expérimentale pour mes protéines. Comment puis-je me procurer un modèle structural de mes protéines ?
Le modèle de l’homologie de votre protéine pourrait avoir été déjà calculé et peut être disponible dans le référentiel de SWISS-modèle ou à ModBase. Sinon, vous pouvez calculer le modèle d’homologie en utilisant le service web de SWISS-modèle.

J’ai besoin d’effectuer des calculs de mécanique moléculaire sur un complexe protéine-ligand, mais je n’ai pas les paramètres pour les petites molécules.
Vous pouvez utiliser le service web SwissParam pour obtenir les paramètres et topologies de petites molécules organiques, à utiliser avec CHARMM et GROMACS. Dundee PRODRG2 Server fournit également la topologie et les paramètres pour GROMACS.

J’ai besoin d’effectuer des calculs de mécanique moléculaire sur une protéine, mais ne sais pas comment mettre en place le système.
Vous pouvez utiliser le service web CHARMMing.org pour une protéine pour une utilisation avec CHARMM.

Comment est-ce que je peux estimer l’affinité d’une petite molécule d’une protéine ?
Plusieurs services web sont disponibles, comme DrugScoreONLINE et le serveur BAPPL ou BAPPL-Z. Ce dernier peut être utilisé pour les protéines à base de Zinc.

Comment puis-je concevoir un ligand d’une protéine, la structure 3D du site de fixation ?
Échafaudage-hopping peut être effectuée en ligne en utilisant le service web de e-LEA3D.

Je voudrais pour calculer les paramètres physico-chimiques et descripteurs de plusieurs petites molécules pour effectuer des calculs de QSAR.

 

Ceci peut être effectué en utilisant les services web MolInfo et E-Dragon.

 

Comment puis-je estimer la valeur de logP de mon molécule ?
le service web ALOGPS estimations de valeurs logP en utilisant plusieurs approches différentes. Autres services web sont disponibles, comme XScore-LogP d’alos.

 

Je peux estimer la toxicité d’une petite molécule ?
Vous pouvez le faire à l’aide de VirtualToxLab, l’Explorateur propriété OSIRIS, ADME-Tox et Lazar

 

Puis-je estimer paramètres ADME d’une petite molécule ?
Vous pouvez le faire à l’aide de ALOGPS, l’Explorateur de propriété d’OSIRIS, le modèle – moléculaire descripteur de laboratoire et les services web des outils gratuits de ADME.

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