Python Makromolekulare Library (mmLib)


Python Macromolecular Library (mmLib)
Copyright © By Ethan Merritt, Jay Painter
For original English text, go to: http://pymmlib.sourceforge.net/

Zusammenfassung

Die Python Makromolekulare Library (mmLib) ist ein Software-Toolkit und die Bibliothek des
Routinen für die Analyse und Manipulation von makromolekularen Strukturmodelle,
implementiert in der Programmiersprache Python. Er wird über eine geschichtete zugegriffen wird,
objektorientierte Application Programming Interface, und bietet eine Reihe nützlicher
Software-Komponenten für das Parsen von mmCIF und PDB-Dateien, eine Bibliothek von atomarem
Elemente und Monomere, eine objekt-orientierte Datenstruktur Beschreibung biologischer
Makromoleküle und eine OpenGL-Molekular-Viewer. Die mmLib Datenmodell ist so konzipiert
einen einfachen Zugang zu den verschiedenen Levels of Detail notwendig, um zu implementieren bieten
High-Level-Programme für makromolekulare Kristallographie, NMR, Modellierung,
und Visualisierung. Dazu gehören spezialisierte Klassen für Proteine, DNA, Aminosäuren,
und Nukleinsäuren. Ebenfalls enthalten ist eine umfangreiche Bibliothek Monomer, Element-Bibliothek und
spezialisierte Klassen für die Durchführung Elementarzelle Berechnungen mit einem vollen Raum kombiniert
Gruppe Bibliothek.

Versionen

Version 1.1.0 wurde im September 2010 veröffentlicht, wurde aber nicht als Tarball verteilt.
Version 1.2.0 veröffentlicht wurde (mit Archiv) im Juni 2011.

Anwendungen

Zwei Anwendungen sind mit mmLib verteilt. Eines ist ein GUI-Editor, der nutzt mmCIF
die GTK-Toolkit. Das andere ist ein OpenGL molekularen Betrachter.

TLS Molecular Viewer (tlsviewer.py)

Ein OpenGL molekularen Betrachter mit dem mmLib.GLViewer Rendering-Modul
und die GTK-2.0-Toolkit. Features include (Links zu Screenshots):

  • TLSView Handbuch
  • Multiple Tabbed Zuschauer (wie Mozilla)
  • Schwingungsellipsoide
  • TLS (Rigid Body ADP Model) Displacement Animation und Visualisierung

MmCIF GUI-Editor

Ein GUI-Editor für mmCIF Dateien mit dem GTK-2.0-Toolkit.
Screenshot.

Publikationen

J. Maler und E.A. Merritt (2004)
MmLib Python-Toolkit für die Manipulation von kommentierten strukturelle Modelle von biologischen Makromolekülen”.
J. Appl. Cryst. 37 , 174-178
(Copyright © International Union of Crystallography).
Nachdruck (PDF-Dokument)

J. Maler und E.A. Merritt (2005)
MmLib Ein molekularer Betrachter für die Analyse von TLS starren Körperbewegung in Makromolekülen.”
Acta Cryst. D61 , 465-471
(Copyright © International Union of Crystallography).
Nachdruck (PDF-Dokument)

F. Zucker, P.C. Champ und E.A. Merritt (2010)
“Validation of kristallographischen Modellen mit TLS oder sonstigen Beschreibungen o
f Anisotropie “.

Acta Cryst. D66 , 889-900
.
(Copyright © International Union of Crystallography).
Nachdruck (PDF-Dokument)

Dokumentation

  • mmLIB API-Referenz
  • TLSView (tlsviewer.py) User Manual

Autoren

  • Ethan Merritt: merritt _at_ u.washington.edu
  • Jay Painter : jay.painter _at_ gmail.com

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