Python macromoléculaire Bibliothèque (MMLIB)


Original: http://pymmlib.sourceforge.net/

 

Résumé

Le macromoléculaire bibliothèque Python (MMLIB) est une trousse d’outils logiciels et de la bibliothèque de routines pour l’analyse et la manipulation de modèles structurels macromoléculaires, mis en œuvre dans le langage de programmation Python. Il est accessible via une interface en couches, orientée objet programmation d’applications, et offre une gamme de composants utiles de logiciels pour l’analyse mmCIF, et PDB, une bibliothèque d’éléments et de monomères atomiques, une structure de données orientée objet décrivant macromolécules biologiques, et un OpenGL spectateur moléculaire. Le modèle de données MMLIB est conçu pour fournir un accès facile aux différents niveaux de détail nécessaires pour mettre en œuvre des programmes d’application de haut niveau pour la cristallographie macromoléculaire, RMN, la modélisation et la visualisation. Ceci inclut des classes spécialisées pour les protéines, l’ADN, les acides aminés et les acides nucléiques. On y trouve aussi une vaste bibliothèque de monomère, bibliothèque d’éléments, et des classes spécialisées pour effectuer des calculs de cellules unitaires combinées avec une bibliothèque de groupe d’espace complet.

versions

Version 1.1.0 a été publié en Septembre 2010, mais n’a pas été distribué sous forme d’archive. Version 1.2.0 a été publié (avec archive) en Juin 2011.
applications

Deux applications sont distribuées avec MMLIB. L’un est un éditeur GUI mmCIF qui utilise le toolkit GTK. L’autre est un visualiseur moléculaire OpenGL.

TLS Viewer moléculaire (tlsviewer.py)
Un spectateur moléculaire OpenGL en utilisant le module de rendu mmLib.GLViewer et la boîte à outils GTK-2.0. Les caractéristiques comprennent (liens vers des captures d’écran):

Éditeur mmCIF GUI du fichier
Un éditeur graphique pour les fichiers mmCIF en utilisant la boîte à outils GTK-2.0. Capture d’écran.

Publications

J. Painter et E.A. Merritt (2004) „toolkit MMLIB Python pour manipuler les modèles structurels annotées des macromolécules biologiques“. J. Appl. Crist. 37, 174-178 (Copyright © Union internationale de cristallographie). réimprimer (document PDF)

J. Painter et E.A. Merritt (2005) „MMLIB Un spectateur moléculaire pour l’analyse de TLS mouvement de corps rigide dans des macromolécules.“ Acta Cryst. D61, 465-471 (Copyright © Union internationale de cristallographie). réimprimer (document PDF)

F. Zucker, CP Champ et E.A. Merritt (2010) «La validation des modèles cristallographiques contenant TLS ou d’autres descriptions d’anisotropie“. Acta Cryst. D66, 889-900. (Copyright © Union internationale de cristallographie). réimprimer (document PDF)

documentation

auteurs

  • Ethan Merritt: Merritt _at_ u.washington.edu
    Jay Peintre: jay.painter _at_ gmail.com

Dernière mise à jour le 27 juin 2011 par Ethan Merritt

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