La Bibliothèque Virtuelle WWW: organismes modèles


Original: http://ceolas.org/VL/mo/

 

Ce site est un catalogue de ressources Internet concernant les organismes modèles biologiques, et fait partie de la zone Biosciences du projet de bibliothèque virtuelle. D’autres organismes sont énumérés sous les sections virtuelles de la bibliothèque de génétique et de biologie du développement.

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Qu’est-ce qu’un organisme modèle?
De nombreux aspects de la biologie sont similaires dans la plupart ou tous les organismes, mais il est souvent beaucoup plus facile à étudier des aspects particuliers dans les organismes particuliers – par exemple, la génétique est plus facile dans les petits organismes qui se reproduisent rapidement, et très difficile à l’homme! Les organismes modèles les plus populaires ont des avantages importants pour la recherche expérimentale, et de devenir encore plus utile lorsque d’autres scientifiques ont déjà travaillé sur eux et découvrir les techniques, les gènes et d’autres informations utiles.

Générales du modèle Ressources Organisme
Il ya peu sur le web en ce qui concerne les organismes modèles en général, mais quelques-unes des meilleures ressources sont:

  • Rapport d’un atelier NIH 1998 sur les bases de données organisme modèle
  • Génomique fonctionnelle et comparative des discussions du projet du génome humain sur les génomes d’organismes modèles, et comment ils se rapportent au génome humain.
  • Site de référence NIH pour des organismes modèles, avec des liens et des renseignements sur les subventions et les programmes.
  • Le GenomeWeb a des liens importants pour la génomique de divers organismes.
  • MEOW permet des recherches sur les gènes de tous les grands organismes modèles et humaine à travers une interface unique.
  • Utilisation d’organismes modèles en enseignement de la biologie.

La génomique comparative de modèle et d’autres organismes
Avec de nombreux génomes séquencés maintenant, il ya plusieurs efforts pour lier fonctionnellement les gènes dans des organismes modèles avec leurs homologues chez les humains et d’autres modèles d’élargir leur utilité en tant que modèles de gènes et des processus humains. Certaines ressources sont

  • L’ontologie Consortium Gene (GO) vise à classer les fonctions générales et spécifiques de gènes dans plusieurs organismes.
  • Une liste (1997) vieillot de gènes responsables de maladies humaines et leurs homologues de l’organisme modèle, à XREFDb, un projet visant à relier les gènes de l’organisme modèle pour homologues humains.

Quels sont les principaux organismes du modèle?
Il ya d’autres excellents articles dans la bibliothèque virtuelle de ces grands organismes du modèle:

Ce qui suit sont des ressources Web les plus populaires pour les autres grands organismes modèles.

Elegans de Caenorhabditis (ver nématode)
Ce petit ver a un cycle de vie très rapide, une lignée invariant (chaque animal a un certain nombre de cellules) et est le premier animal pluricellulaire d’avoir ça génome a été séquencé.

  • Une introduction à la vis sans fin, du laboratoire Riddle, et une introduction plus technique de Mark Blaxter et une autre du Minnesota Centre de Génétique.
  • Le C. elegans serveur Web par Leon Avery UTSMC est la meilleure référence en ligne pour C. elegans, y compris une introduction, une liste des laboratoires de ver et un moteur de recherche de littérature de ver.
  • WormBase est une base de données à grande échelle couvrant des informations sur tous les gènes du ver.
  • Le génome complet a été séquencé de (Sanger Center et l’Université de Washington)
  • Le séquençage C. elegans EST et projet de cartographie de l’expression (NEXTDB) du laboratoire Ko
  • ara.
  • Un consortium de laboratoires vise à créer KO de chaque gène de ver.
  • Acedb est une base de données complexe mais puissant de C. elegans information génétique. Une interface web est disponible, de l’USDA.
  • Le centre de stock ver (Caenorhabditis Centre de Génétique dans le Minnesota).
  • WormAtlas est une base de données de l’anatomie structurelle et comportementale du ver.
  • Protocoles de ver de laboratoire Ambros.
  • Le bionet.celegans groupe de discussion, avec une introduction et des archives sur le site UTSMC.
  • D’autres nématodes sont couverts par Wormland.
  • Une bonne page de liens du laboratoire Ward.
  • elegansNet: liens sur C. elegans et une variété éclectique d’autres sujets biologiques. L’utilisation intensive des cadres. Comprend nombreux liens d’introduction (ACekit)

Arabidopsis thaliana (plante de moutarde)
C’est maintenant le système principal plante modèle pour la génétique. Son petit génome, et l’application récente de la génétique classique a mis loin devant d’autres modèles d’importance agricole (tomate, tabac, maïs, etc), il est génome devrait être entièrement séquencé en 2000.

  • Base de données d’Arabidopsis thaliana (ATDB): base de données sur Major gènes d’Arabidopsis et des efforts de génomique, avec des informations supplémentaires sur les chercheurs d’Arabidopsis.
  • projet de séquençage d’ADNc: projet de séquençage Major EST de l’Université du Minnesota et l’Université d’État Michican.
  • Base de données d’Arabidopsis à TIGR: génome HNE séquences de TIGR, y compris leur compilation „Gene Index“ des TER et des données génomiques dans des séquences de gènes putatifs.
  • Centres de droits: de type sauvage et des stocks mutantes sont disponibles auprès de l’Ohio State University et l’Université de Nottingham en Angleterre. Voir aussi le Lehle catalogue des semences de l’entreprise.
  • Longue liste de laboratoires d’Arabidopsis sur le web, à partir de Lehle Seeds.
  • Nouvelles et informations: Beaucoup de mises à jour des informations de la communauté de arabidopsis.com.
  • WeedsWorld, le bulletin d’information communautaire d’Arabidopsis est archivée 1994-97.
  • Arabidopsis a aussi des listes de diffusion et un forum de discussion, bionet.genome.arabidopsis, qui est archivée.
  • Arabinet à Harvard est une bonne collection de liens.
  • Projet du génome MIPS en Allemagne propose des séquences, annotations et classification fonctionnelle.

poisson zèbre
Ce petit poisson est un modèle relativement nouveau. Comme un vertébré, il est un bon modèle pour les aspects de la biologie humaine, mais est moins cher et plus facile à manipuler que les souris, ainsi que d’avoir un embryon transparente et plus accessible pour les travaux de la biologie du développement.

  • FishNet à l’Université de l’Oregon est un site de ressources complet.
  • Le serveur d’information poisson zèbre est un autre excellent moyen général de l’Université de Caroline du Sud.
  • L’Université de Washington a un projet de séquençage poisson zèbre HNE cours.
  • Le poisson zèbre serveur Web à l’Driever Lab couvre anatomie, cartes de microsatellites et des bibliothèques de YAK.

souris
L’organisme modèle proche de l’homme est surtout utilisé dans le développement, les études génétiques et immunologiques.

  • Le catalogue entier de souris a un vaste ensemble de références à des informations à travers le web.
  • Base de données de souris knock-out (BioMedNet). Atlas des phénotypes et d’autres informations sur les gènes de souris qui ont été perturbés (commercial).
  • Cartes génétiques et physiques du génome de souris (MIT)
  • L’Atlas de la souris et Gene base de données d’expression
  • Atlas du cerveau de souris: balaie de type sauvage et de la souris mutante cerveau.
  • Souris génome informatique: combinaison de bases de données dans les laboratoires Jackson: la base de données de souris génome (MGD), la base de données de l’expression génique, et la Encylopedia du génome de la souris, un Mac carte du génome spectateur, qui, ensemble, donnent une large couverture de la génétique de la souris et de la génomique.
  • La base de données de TBASE de souches de souris transgéniques, du laboratoire Jackson.
  • Un article sur les souris en recherche sur le cancer.
  • Cartes d’homologie humain / souris, du NCBI.
  • Souris génome ressources du NCBI.

D’autres organismes modèles

unicellulaire

Chlamydomonas reinhardtii, une algue unicellulaire.
Ressources Internet Chlamydomonas de Wallace Marshall.
Cyanobactéries, (bactéries photosynthétiques).

cyanose

plantes

maïs
La page de maïs à l’Iowa State University.
Génétique de maïs sites d’intérêt
MaizeDB, la base de données du génome du maïs.
arbres
La Bibliothèque virtuelle sur la génétique forestière et l’amélioration des arbres.

invertébrés

Aplysia californica: un escargot utilisé dans la recherche Neurobiologie
Le hometank aplysie (Cornell)
Ascidies: chordés primitifs utilisés en biologie du développement
Page d’accueil États-Unis ascidie (Fullerton)
Cnidaires / Coelentérés (méduses, coraux, etc hydre)
Page d’accueil cnidaires
Sea Urchin
Urchin Web
UrchiNet base de données
Mosquito (Aedes sp.)
Mosquito génomique serveur

vertébrés

Rubripes Fugu: Pufferfish avec un génome très compact, utilisé dans la recherche en génomique. Le génome est séquencé et désormais largement en cours d’assemblage.
Bon site de Fugu au JGI DOE
Pages de Fugu à la MRC en Angleterre.
Medaka (ricefish; Oryzias latipes): un autre poisson de modèle génétique
Page d’accueil Medakafish
Mammifères assorties (surtout de ressources génomiques)
Roslin Institute: les bases de données de cartographie pour porc, poulet, mouton, bétail, cheval, chat et le tilapia (poisson).
Le projet Génome chien à Berkeley.
Département de projets de cartographie du génome de l’agriculture pour moutons, porc et de vache US.

Autre organisme modèle Pages

  • Liste Sanger Centre de bases de données MO
  • Un autre à Caltech
  • Une belle revue de modèle des sites de l’organisme par Pam Gannon, pour HMS Beagle (également disponible ici).
  • Génomes et organismes, une longue liste à Infobiogen.
  • Cybergenome.com a des liens pour des organismes modèles et les humains.
  • Génomique fonctionnelle des liens de la science génétique liens de la nature.

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