Korelacje genetyczne ekspresji genów w rekombinowanych szczepów wsobnych: relacyjnego systemu modelu do Poznaj neurobehawioralnych fenotypy


Original: http://www.nervenet.org/papers/GC_webQTL.html

Elissa J. Chesler (Zakład Anatomii i Neurobiologii, Centrum genomiki i bioinformatyki, University of Tennessee Health Science Center, Memphis, TN)
Jintao Wang (Molecular and Cellular Biology, Roswell Park Cancer Institute, Buffalo, NY)
Lu Lu (Zakład Anatomii i Neurobiologii, Centrum genomiki i bioinformatyki, University of Tennessee Health Science Center, Memphis, TN)
Yanhua Qu (Zakład Anatomii i Neurobiologii, Centrum genomiki i bioinformatyki, University of Tennessee Health Science Center, Memphis, TN)
Kenneth F. Manly (Molecular and Cellular Biology, Roswell Park Cancer Institute, Buffalo, NY)
Robert W. Williams (Zakład Anatomii i Neurobiologii, Centrum genomiki i bioinformatyki, University of Tennessee Health Science Center, Memphis, TN)

Pełne sekwencjonowanie genomu, Genotypowanie wysokiej gęstości, rozszerzenie zestawy testów mikromacierzy i systematyczne fenotypowanie cech neuroanatomicznych i behawioralnych wytwarzają mnóstwo danych na temat myszy ośrodkowego układu nerwowego (OUN). Te zróżnicowane zasoby są wciąż słabo zintegrowane. Jednym z rozwiązań jest uzyskanie tych danych za pomocą wspólnego populacji referencyjnej izogenicznych z myszami, zapewniając punkt integracji pomiędzy typami danych. RI wsobne (rekombinacji) myszy, pochodzące z chowu wsobnego z potomstwa z chowu wsobnego krzyża, są potężnym narzędziem do kompleksowego odwzorowania-cechy i analizy trudnych fenotypów neuroscientific zainteresowania. Te izogenicznych Ri odzyskanie zasobów genetycznych, które mogą być ponownie badano za pomocą wielu rozmaitych testach. Różne zestawy danych mogą być związane poprzez genomów ustalonych i znanych, przy użyciu narzędzi takich jak interaktywny system webbased do kompleksowej analizy cecha, www.WebQTL.org. W tym raporcie pokazujemy, wykorzystanie WebQTL zbadania złożonych interakcji pomiędzy wielu różnych cech z mRNAtranscripts do imponującego behawioralnej i farmakologiczne zmienności wśród szczepów RI. Relacyjne podejście wykorzystując wspólny zestaw szczepów ułatwia naukę wielu efektów pojedynczych genów (plejotropia) bez hipotez a priori wymagane. Tutaj pokażemy siłę tej techniki przez korelacji genetycznej ekspresji genów z bazy neurobehawioralnych fenotypy zgromadzonych w tych szczepów myszy przez ponad 20 lat doświadczeń. Przez wielokrotne badania tego samego panelu myszy, wczesne dane mogą być ponownie zbadane w świetle postępu technologicznego, nieprzewidzianych w momencie ich początkowego kolekcji.

Comments are closed.