Delila: Software für die Informationsanalyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen

Übersetzung von http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/delila.html

Delila: Software for Information Analysis of Protein and Nucleic-acid Sequences [German]

inklusive Sequence-Logos und Sequence-Walkers

Die Delila-Programme wurden entworfen, um Reihen von Sequenzfragmenten zu handhaben. Einige der Programme sind darauf ausgelegt, Sequenzlogos und Sequenzwalker zu kreieren, während andere Werkzeuge darstellen, die ich hilfreich finde, wie etwa rembla und das TheThe-Programm.

Arnolds Gesetz der Dokumentation:
(1) Wenn etwas existieren sollte, tut es das nicht.
(2) Wenn es doch existiert, ist es veraltet.
(3) Nur die Dokumentationen nutzloser Programme übergehen die ersten beiden Gesetze.

  • Definition von „Delila“
  • Delila-Software: Binär- und Quellcode
  • Wie richte ich Delila-Programme ein? Dies ist für Leute, die mit Unix-Betriebssystemen nicht vertraut sind.
  • Der Aufbau von Delila-Libraries
  • Tutorial für die Delila-Anleitung
  • Welche Programme benötige ich, um Logos auf meinem eigenen Computer herzustellen? (Beachte: du kannst deine eigenen Sequenzlogos auch im Web herstellen – mit Steve Brenners WebLogo und der Bereitstellung einer Fasta-Format-Datei kannst du dein eigenes Sequenzlogo kreieren. Dies ist nicht so leistungsfähig wie die direkte Nutzung der Programme, aber für viele Zwecke reicht es aus.).
  • Auflistung aller Delila-Programme: Handbuch-Seiten,Quell- und Binärcodes sind hier zu finden. Beinhaltet nicht die Programme, die Walkers und individuelle Informatiosberechnungen handhaben.
  • Wie komme ich an die Individuelle Informationstheorie und Walker-Programme?
  • Was ist im Individuellen Informationsprogramm-Paket drin?
  • Definition der Delila-Sprache

Delila (Deoxyribonukleinsäure-LIbrary-LAnguage) ist eine Sprache, um Sets von Sequenzfragmenten aus einer Datenbank zu extrahieren. Die Sprache besitzt eine formale Definition.

  • Hypertext-Version des hauptsächlichen Delila-Handbuchs (176038 bytes). Die originale flache Version des Delila-Handbuchs gibt es hier, und eine PostScript-Version des Delila-Handbuchs hier. Beachte: Ich aktualisiere diese Handbücher nicht regelmäßig. Um die neueste Version anzusehen, beziehe die Handbuchseite jedes Programms aus dem Quellcode.
  • REFERENZEN des Delila-Systems:
@article{Schneider1982,
author = "T. D. Schneider
 and G. D. Stormo
 and J. S. Haemer
 and L. Gold",
title = "A design for computer nucleic-acid sequence storage,
retrieval and manipulation",
journal = "Nucl. Acids Res.",
volume = "10",
pages = "3013-3024",
year = "1982"}

@article{Schneider1984,
author = "T. D. Schneider
 and G. D. Stormo
 and M. A. Yarus
 and L. Gold",
title = "Delila system tools",
journal = "Nucl. Acids Res.",
volume = "12",
pages = "129-140",
year = "1984"}
  • Übersetzungen:
    • Weißrussische Übersetzung von Martha Ruzkowski, 02. Februar 2011.
    • Ukrainische Übersetzung von Mark Pozner, 09. Juni 2011

FTP-Archive

Beachte: Die ftp-Archive gab es vor diesen Webseiten. Ich behalte diese Hinweise derzeit noch, aber sie sind ziemlich veraltet.

Die ftp-Seite von Delila beinhaltet Werkzeuge zur Sequenzmanipulation und für andere Aufgaben. Informationen zur Einrichtung von Delila-Programmen finden sich im README.

Beachte: Unsere ftp-Seite ist von „ncifcrf.gov“ zu „ftp.ncifcrf.gov“ gewandert. Bitte benutze zukünftig den neuen Namen. Wenn du ein Paket unserer Schriften vor dem 6. April 1994 erhalten hast, beachte bitte die Änderung auf dem Cover, auf Seite 820 des Shaner et al.-Papers und auf Seite 6100 des Sequenzlogo-Papers.

Schneider LabSchneider Lab
Entstehung: vor dem 10.  August 1996
Aktualisierung: 02. Februar 2010

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