Aedes aegypti Genome Projekt


Original: http://nd.edu/~dseverso/genome.html

Przeprowadziliśmy NIH NIAID finansowanego projektu (UO1 AI050936), który wytwarzany pełną sekwencję genomu uwagami na żółtej gorączce komara Aedes aegypti. Nasz początkowy zamiar do tego projektu było opracowanie zbioru informacji o genomie w tym sekwencji EST, sekwencji genomowych i fizycznych stanowisk map dużych klonów genomowych, które zwiększą odkrycie genu, a także krytyczne frontonu narzędzi dla całego-sekwencjonowania genomu wysiłek. Moi współpracownicy byli Dr Dennis Knudson z Colorado State University, dr. Brendan Lofus i Vish Nene w Instytucie Genome Research (TIGR) oraz dr Bento Soares na Uniwersytecie Iowa.
Sekwencje końcowe BAC uzyskano z 3 niezależnie otrzymanych bibliotek i są publicznie dostępne w GSS bazy danych w NCBI. Łącznie 117937 sekwencji o średniej długości 650 Odczyt ~ BP zostały złożone: CC065891-CC144307, CC149837-CC155974, CC841856-CC875159. Ponadto przeprowadziliśmy strzelbę sekwencjonowania 28 losowo wybranych klonach BAC ocenić przydatność genomu do klonowania, sekwencjonowania i zgromadzeń. Poszczególne zespoły są również dostępne do pobrania lub online wyszukiwania.

Znormalizowane biblioteki cDNA wytworzono z Brugia malayi samic zakażonych, Plasmodium kobiet gallinaceum zainfekowanych, denga zakażonych kobiet, fatbody i łączyć wszystkie etapy życia zostały sekwencjonowanych end. Ten wysiłek generowane około 211.000 sekwencji. Sekwencje te mogą być dostępne na Aedes aegypti Gene Aegi Indeks, który integruje dane z tego projektu z istniejących danych w EST i baz danych genów. Nasze sekwencje EST również zostały złożone w bazie danych EST w NCBI.

Otrzymaliśmy zawiadomienie z NIH-NIAID w dniu 13 lutego 2004 r., że nasza prośba Biały Papier do sekwencji całego genomu Aedes aegypti zatwierdzone. Cały wysiłek sekwencjonowanie genomu shotgun przeprowadzono prowadzone w TIGR i Instytutu Broad. Montaż genom został wydany w październiku 2005 roku i został zdeponowany w GenBank pod wersją akcesyjnego AAGE02000000.

Wstępna v0.5 adnotacja genom został przygotowany wspólnie przez TIGR i VectorBase. Release TIGR wliczone 28.301 genów prognoz, podczas release VectorBase obejmują 17.776 genów prognoz. Oba zestawy są dostępne w widoku genomu i analizy BLAST w VectorBase.

Końcowa adnotacja genomu v1.0 został wydany przez GenBank dniu 14 czerwca 2006 r. zgodnie z wersją akcesyjnego AAGE00000000. Wydanie zawiera 15.419 wysokobiałkowa ufności kodujący geny plusy zastępców klejonych stenogramy z 992 genów, które dodają 1.370 białek, w sumie 16.789 białek. Adnotacjami supercontigs są dostępne w GenBank i VectorBase. Proste wyszukiwanie nukleotydu bazy danych przez supercontig numer znajdziesz go, na przykład wyszukiwanie na supercont1.1 wywołuje przystąpienie CH477186. Inne linki do danych dla Aedes aegypti są dostępne na stronie NCBI Genome Project. Ponadto, liczba plików zawierające szereg danych dla genomu są do pobrania na VectorBase.

Ręczne adnotacje genów przez Aedes aegypti społeczności naukowej są mile widziane: patrz wytyczne dla adnotacji instrukcją składania.

Szczegóły dotyczące montażu genomu i adnotacji zostały opublikowane w 22 czerwca 2007 emisyjnej of Science (316:1718-1722).

Nasze plany na Aedes aegypti genomu są opisane w Planie Projektu.

Odnotowany Aedes aegypti sekwencja genomu jest wyświetlany dla publicznego dostępu i kwerendy w VectorBase.

Comments are closed.